A PCR é o primeiro passo na análise das STRs (Repetições Duplas Curtas), que são alelos muito pequenos e específicos em uma repetição dupla de número variável (VNTR). Alelos são pares de genes que ocorrem alternadamente em um ponto específico, ou locus, de um cromossomo.
Analisar STRs permite mais precisão que a técnica RFLP porque o pequeno tamanho torna mais fácil separá-las e distingui-las.
Uma variação da análise de STR é a Y-STR. Somente STRs encontrados no cromossomo Y (que apenas os machos portam) são analisadas. A análise de Y-STR é útil caso a amostra contenha DNA combinado (de homens e mulheres) ou em casos de agressão sexual nos quais um homem é o agressor. A Y-STR é fora isso, processado como uma STR normal.
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